Voedselveiligheid bleef echter een federale bevoegdheid, en er is naast de regionale ministers van Landbouw ook een federale minister van Landbouw. Ook het FAVV is een federaal agentschap, en werkt met lokale antennes om controles uit te voeren in het hele land. Het agentschap baseert zich hiervoor op federale voorschriften.
Ook de Europese Unie is een belangrijke bron van wetgeving omtrent voedselveiligheid. Zowel de Belgische federale regering als de Vlaamse regering zetten Europese richtlijnen om in wetten en decreten binnen hun respectieve bevoegdheden. Ze zijn ook verantwoordelijk om toe te zien op de goede uitvoering van Europese verordeningen.